本署主要業務為偵查犯罪及執行判決。首長稱為「檢察長」，對內主管本署一切業務，對外表本署。檢察長以下，設襄閱主任檢察官一名，負責襄助檢察長處理全署事務，另設主任檢察官6人，分別督導各組檢察官，每位檢察官皆身負摘奸發伏、檢舉犯罪、維護社會秩序、確保國家安全之重任，另有檢察事務官協助辦案。書記處設置書記官長一人，承檢察長之命處理本署行政事務。書記官則分科辦事，現有紀錄、執行、研考、文書和總務等五科，每科均置科長一人。另有法警室，負責本署開庭秩序、署區安全及押解拘提人犯等，除法警外並置警長及副警長各一人。資訊室負責本署資訊系統之建立管理，法醫室負責相驗非因病死亡之屍體，觀護人室負責辦理假釋或緩刑中付保護管束者及緩起訴、緩刑附條件履行義務勞務暨易服社會勞動等業務。此外尚有人事、統計、會計、政風等室，負責各該有關業務。而更生保護會橋頭分會及犯罪被害人保護協會橋頭分會亦設址本署，前者負責出獄人的更生保護工作，後者係為協助重建被害人或其遺屬生活。