本署包含地下一樓共有10個樓層，以下為各特定科室簡介

地下一樓：
第20〜22特別偵查庭
指證室
等候室
臨時偵查庭
法警室

一樓：
第1〜10偵查庭
律師休息室
單一櫃檯服務中心
卷證開示室
贓證物收件窗口
哺乳室
法警室
收發室

二樓：
第11〜19偵查庭
第1〜2、4〜10詢問室
法警室
法醫室
法醫研究所
記者室
溫馨室
犯保辦公室
更保協會
榮觀協會

三樓：
約談室1〜8
觀護人團體諮詢商室
觀護人電話輔導室
（主任）觀護人辦公室
保護管束報到處
採尿室（男，女）
執行科檢察官辦公室
執行科書記官辦公室
總務科辦公室
地板教室
　

四〜五樓：
主任檢察官辦公室
檢察官辦公室
檢察事務官辦公室
書記官辦公室
統計室
分案室

 六樓：
檢察長辦公室
襄閱主任檢察官辦公室
書記官長室
人事室
會計室
政風室
資訊室
文書科
研考科
會議室
簡報室
電腦教室

七樓： 
會議室
公訴蒞庭談話室
公訴組書記官辦公室
開標室
　

八樓：
大會議室
溫馨室

九樓：
大會議室
多功能會議室