依刑事訴訟法第456條、第457條之規定，刑事案件經法院裁判確定後，除保安處分或法律另有規定者外，由檢察官迅速依法指揮執行，以貫徹國家刑罰權。又為求慎刑恤獄，減少短期自由刑之流弊及降低新入監受刑人之累再犯比例，對於短期自由刑得易科罰金、易服社會勞動之案件，本署均從寬審核。至受刑人或其法定代理人或配偶以檢察官執行之指揮為不當者，依同法第484條、第485條之規定，得以書面向諭知該裁判之法院聲明異議。

另本署對刑事保證金之發還，則採單一窗口作業方式，簡化流程，以盡速發還。